保密审查员对确定需要保密的专利申请案卷做出保密标记，在对该专利申请作出解密决定之前，对其进行保密管理。
保密专利申请的初步审查和实质审查均由国家知识产权局专利局指定的审查员进行。
对于发明专利申请，初步审查和实质审查按照与一般发明专利申请相同的基准进行。初步审查合格的保密专利申请不予公布，实质审查请求符合规定的，直接进入实质审查程序。经实质审查没有发现驳回理由的，作出授予保密发明专利权通知的决定，并发出授予发明专利权通知书和办理登记手续通知书。
对于实用新型专利申请，初步审查按照与一般实用新型专利申请相同的基准进行。经初步审查没有发现驳回理由的，作出授予保密实用新型专利权的决定，并发出授予实用新型专利权通知书和办理登记手续通知书。
保密专利申请的授权公告仅公布专利号、专利申请日和授权公告日。
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