转让商标申请时可能会遇到的风险主要包括以下几个方面：

1.转让协议的有效性：转让协议必须符合当地的法律法规，否则可能导致转让无效。双方应当明确转让的商标范围、权利义务、违约责任等条款。

2.权利瑕疵：转让人可能并非商标的所有者，或者其权利受到限制（如存在质押、共有等情况）。商标可能存在未解决的争议或法律纠纷。

3.商标状态问题：商标可能处于续展期、撤销审查期、异议期等特殊状态，这可能影响转让过程。商标可能因长期未使用面临被撤销的风险。

4.商标评估问题：商标的市场价值可能难以准确评估，导致双方对价格存在分歧。商标的价值可能会随市场变化而波动。

5.法律手续问题：未能及时完成必要的法律手续，如未在规定时间内向商标局提交转让申请。文件填写错误或不完整，导致审批延迟或拒绝。

6.商业秘密泄露：在转让过程中，可能会涉及商业秘密的披露，若保密措施不当，可能导致信息泄露。

7.第三方权利冲突：商标转让后，可能与其他第三方的商标产生冲突，引发新的法律纠纷。

8.国际注册问题：如果商标在多个国家或地区注册，转让时需要考虑不同国家/地区的法律规定和程序差异。

为了避免上述风险，建议采取以下措施：

1.尽职调查：对商标的状态、权利状况进行全面的尽职调查。

2.签订正式合同：明确双方的权利和义务，约定违约责任。

3.法律咨询：咨询专业的知识产权律师，确保转让过程符合法律法规。

4.官方备案：及时向商标局提交转让申请及相关文件，并确保所有手续齐全。

在整个转让过程中保持谨慎，并确保所有的交易细节都得到妥善处理，有助于降低潜在的风险。